CNPJ, Nota Fiscal e Receita Federal: O Que Todo Médico Precisa Saber!
A vida do médico é corrida: plantões, cirurgias, congressos e pacientes. No meio dessa rotina, a parte contábil e financeira costuma ficar em segundo plano, e é justamente aí que surgem os maiores problemas com a Receita Federal.
No episódio do GuiaConsultório #03, o especialista Bruno Nascimento, referência em contabilidade para médicos, explicou com detalhes tudo o que um médico precisa saber para organizar sua vida fiscal, abrir corretamente o CNPJ, emitir notas, escolher o regime tributário ideal e evitar armadilhas.
A seguir, reunimos os principais pontos dessa aula completa.
O Médico e a Contabilidade
Segundo Bruno, o médico passa anos focado na formação técnica, faculdade, residência, especializações, e raramente aprende sobre gestão, impostos ou obrigações fiscais.
É aí que entra a importância de uma contabilidade especializada: ela ajuda o profissional a reduzir a carga tributária, aproveitar benefícios legais e manter tudo em conformidade com o CRM e a Receita Federal.
A AJMED, escritório de Bruno, atende mais de 200 médicos e 250 CNPJs, o que lhe permite observar os erros mais comuns e orientar sobre as melhores práticas para quem quer sanar as dores fiscais e tributárias.
As Formas de Atuação do Médico: CLT, PJ, Autônomo e Pessoa Física
O médico pode exercer a profissão de várias formas, cada uma com regras específicas:
- CLT (empregado): vínculo formal com hospital, com salário e encargos pagos pela instituição.
- PJ (Pessoa Jurídica): o médico abre um CNPJ e presta serviços como empresa, emitindo nota fiscal e pagando tributos reduzidos.
- Autônomo: atua sem CNPJ, mas com impostos retidos na fonte. Muito comum em convênios como Unimed.
- Pessoa Física (recibo eletrônico): utiliza o sistema Carne-Leão Web para registrar receitas de consultas particulares esporádicas.
Bruno destaca um ponto importante: o fisco sempre quer saber a origem do dinheiro. Se um valor entra na conta e não tem comprovação, a Receita pode entender como caixa dois, o que é ilegal.
O primeiro passo, portanto, é definir corretamente como você vai receber, e sempre emitir o documento correspondente.
CNPJ Médico: Como e Quando Abrir?
Abrir um CNPJ é simples, mas exige planejamento. O médico precisa apresentar documentos pessoais, comprovante de endereço e registrar o vínculo com o CRM do estado onde atua.
Segundo Bruno, há dois caminhos principais:
- CNPJ individual, com o médico como único sócio.
- Condomínio de médicos, em que vários profissionais compartilham o mesmo CNPJ (modelo comum em hospitais e grupos clínicos).
Esse último formato exige cautela. Mesmo com uma pequena participação, o médico responde solidariamente por dívidas tributárias e trabalhistas. Antes de entrar em uma sociedade desse tipo, é essencial verificar se há pendências fiscais.
Simples Nacional x Lucro Presumido
Bruno explica que o regime tributário depende do faturamento:
- Simples Nacional: indicado para quem fatura até R$ 30 a R$ 40 mil por mês. É mais prático, pois unifica todos os tributos em uma única guia (DAS) com alíquota inicial de 6%.
- Lucro Presumido: torna-se mais vantajoso acima dessa faixa. Quando o faturamento cresce, o Simples se torna mais caro, chegando a 14% de impostos. O Lucro Presumido mantém alíquota fixa e pode representar uma economia relevante.
Em clínicas maiores, com folha de pagamento robusta, a análise muda, pois o custo trabalhista é maior no presumido. É por isso que um contador especializado deve acompanhar o crescimento e orientar o momento certo de fazer a transição.
O MEI, por sua vez, não é permitido para médicos, contadores, engenheiros e advogados, por se tratar de atividade intelectual e regulamentada.
CRM, Alvará e Vigilância Sanitária
Ao abrir o CNPJ, é obrigatório vincular o número do CRM ao registro da empresa.
Assim como o contador tem seu CRC, o médico precisa ter o CRM empresarial ativo. Além disso, a clínica deve ter alvará da vigilância sanitária e registro no CNES.
Bruno é categórico: “Enquanto está tudo bem, ninguém fiscaliza. Mas basta um processo judicial para um advogado descobrir que sua clínica não tem CRM vinculado, e isso agrava sua situação”.
A anuidade do CRM empresarial custa pouco, perto da proteção que oferece.
Nota Fiscal: Como Emitir e o Que Muda em 2026
Hoje, cada prefeitura tem seu próprio sistema de emissão de nota fiscal.
Mas a partir de janeiro de 2026, a emissão será unificada nacionalmente, com um modelo padronizado em todo o país, facilitando a vida de médicos e prestadores de serviço.
Até lá, o processo segue municipal: o contador faz o vínculo do CNPJ à prefeitura, o médico acessa com login e senha, preenche dados do paciente ou hospital e descreve o serviço prestado.
Um ponto de atenção é a retenção de impostos. Quando o médico emite nota para um convênio ou hospital, parte do valor pode ser retida na fonte, o chamado split payment. O sistema da nova nota fiscal inclusive já calculará automaticamente esses valores, enviando a parte do imposto direto ao governo.
O Fim do RPA e o Custo do Autônomo
O antigo RPA (Recibo de Pagamento a Autônomo) ainda é aceito, mas deixou de ser vantajoso.
Enquanto um médico PJ paga cerca de 6% em impostos, um autônomo pode deixar até 27,5% para o governo.
Por isso, Bruno recomenda abrir o CNPJ o quanto antes e evitar trabalhar como autônomo sempre que possível.
Receber na Conta Pessoal: Um Erro Grave (e Comum)
Muitos médicos emitem nota fiscal pelo CNPJ, mas recebem o valor na conta pessoal.
A Receita pode entender isso como renda de pessoa física, gerando bitributação e riscos de autuação.
O correto é receber na conta PJ, pagar despesas da empresa e, depois, transferir para a conta pessoal como distribuição de lucros ou pró-labore.
Reembolsos e Cruzamentos da Receita: Evite a Malha Fina
Os reembolsos de planos de saúde exigem atenção redobrada.
Fraudes como dividir recibos, alterar datas ou colocar o nome de outra pessoa são práticas ilegais e já resultaram em investigações criminais.
Além disso, a DMED (Declaração de Serviços Médicos), enviada pela contabilidade, é cruzada com o imposto de renda dos pacientes. Se houver discrepância, tanto o médico quanto o paciente podem cair na malha fina.
Como a Receita Federal Fiscaliza os Médicos
Bruno desmistifica o tema com clareza: “A Receita já sabe tudo. Antes de te fiscalizar, ela já tem seu histórico inteiro.”
Os principais mecanismos são:
- e-Financeira: bancos informam à Receita todas as movimentações acima de R$ 2 mil (PF) e R$ 5 mil (PJ).
- DIRF: cartões de crédito reportam o volume transacionado no CNPJ.
- DMED: declara as notas e recibos médicos.
- Pix: todas as transações passam pelo Banco Central, que compartilha dados com a Receita.
Em resumo, não há como esconder movimentações. O ideal é trabalhar com transparência e consistência: o que entra deve estar documentado, e tudo deve ter origem comprovada.
Pró-Labore e Distribuição de Lucros
O pró-labore é o salário do sócio e serve de base para o cálculo do INSS e do imposto de renda. Já a distribuição de lucros representa o ganho líquido da empresa e, até o momento, é isenta de IR.
Bruno alerta: muitos médicos contribuem com o mínimo no pró-labore e depois se frustram na aposentadoria. O ideal é equilibrar: definir um pró-labore razoável, que garanta contribuição justa ao INSS, e deixar o restante como lucro.
Há debates sobre a futura tributação dos lucros, mas, por enquanto, a regra continua a mesma.
Organização de Documentos: Por Quanto Tempo Guardar?
Bruno orienta guardar toda documentação contábil e fiscal por no mínimo 5 anos: notas fiscais, extratos bancários, recibos e comprovantes de pagamento.
Já os documentos de folha de pagamento e INSS devem ser mantidos por 30 anos, pois servem como prova em processos de aposentadoria. Esses registros podem evitar perdas significativas no futuro, caso o INSS reconheça menos tempo de contribuição do que o devido.
O Padrão de Vida x A Realidade Financeira
Um dos trechos mais francos da conversa é quando Bruno aborda o padrão de vida do médico.
Segundo ele, muitos confundem finanças pessoais com as da empresa. A clínica pode ser lucrativa, mas o problema está nos gastos fora dela, carros de luxo, escolas caras, financiamentos altos.
“Às vezes a empresa dá lucro, mas a vida que o médico quer ter não cabe dentro dela”, afirma.
O segredo é separar o que é pessoal do que é empresarial e viver de acordo com o faturamento da clínica.
Caso contrário, o consultório acaba se endividando para sustentar um estilo de vida incompatível.
Contratos Médicos e Cláusulas Indispensáveis
Bruno também aborda a importância dos contratos de prestação de serviço médico, especialmente para quem trabalha como PJ.
Em grandes hospitais, o médico geralmente apenas assina o contrato padrão.
Mas em sociedades médicas e clínicas próprias, é essencial definir as responsabilidades de cada parte e deixar claras as condições de atendimento, evitando problemas judiciais.
Em áreas sensíveis como dermatologia e cirurgia plástica, cláusulas bem redigidas são fundamentais para proteger o profissional em casos de insatisfação estética ou complicações pós-procedimento.
Fiscalização Pelo Padrão de Vida
A Receita Federal e o Judiciário podem usar as redes sociais como fonte de comprovação.
Casos de médicos alegando dificuldades financeiras enquanto exibem viagens internacionais ou carros de luxo no Instagram já serviram como base para investigações.
Bruno lembra: “Tudo que é público pode ser usado contra você.”
Adicionando um Segundo Médico à Clínica: O Que Muda
Trazer um novo sócio aumenta o faturamento e pode alterar o regime tributário.
Por exemplo, dois médicos que juntos faturam R$ 40 mil já ultrapassam o limite ideal do Simples Nacional, sendo mais vantajoso migrar para o Lucro Presumido.
Da mesma forma, sociedades em condomínios de médicos tendem a pagar mais imposto do que CNPJs individuais, justamente por conta do volume agregado de faturamento.
Divisão de Receita Entre Sócios
Em clínicas com mais de um médico, as receitas devem ser proporcionalizadas.
Se um fatura R$ 30 mil e o outro R$ 20 mil, cada um deve arcar com a parte proporcional dos impostos.
Essa organização evita conflitos internos e garante clareza sobre a participação de cada um no faturamento e nas despesas.
Tributação Híbrida: Pessoa Física e Jurídica ao Mesmo Tempo
É possível atender como pessoa física (em plantões, por exemplo) e jurídica (no consultório).
Essa prática pode gerar economia, mas exige disciplina. É preciso separar despesas, emitir recibos corretos e manter contas distintas.
Bruno chama atenção: “Administrativamente é mais trabalhoso, mas quando bem feito, traz bons resultados.”
Telemedicina e Aspectos Fiscais
A telemedicina, consolidada após a pandemia, é tributada como qualquer outro serviço médico.
Se o médico em São Paulo atende um paciente no Acre, a nota é emitida normalmente, no portal da prefeitura onde o CNPJ está registrado.
Já uma clínica de telemedicina, mesmo sem atendimento presencial, deve ter alvará, vigilância e estrutura mínima regularizada, pois recebe pacientes, ainda que virtualmente.
Coworking Médico: O Que É e Como Regularizar
Nos últimos anos, o modelo de coworking médico ganhou força entre profissionais da saúde que buscam praticidade e redução de custos. Em vez de investir em uma clínica própria, com aluguel, equipe e estrutura fixa, o médico passa a compartilhar consultórios equipados e prontos para o uso, pagando apenas pelos horários em que atende.
Esse formato é vantajoso, mas exige atenção redobrada às questões fiscais e sanitárias, pois mesmo sendo uma solução moderna e acessível, o atendimento continua sendo uma atividade de saúde regulamentada, sujeita às mesmas normas que regem clínicas e consultórios tradicionais.
Bruno Nascimento explica que existem dois cenários distintos dentro desse modelo:
1. O médico proprietário do coworking
Nesse caso, o profissional (ou grupo de médicos) é o responsável legal pelo espaço e atua como locador de salas equipadas para outros profissionais da área da saúde.
Para funcionar de forma regular, o coworking precisa ter:
- CNPJ de prestação de serviços devidamente cadastrado;
- Alvará de funcionamento e licença da vigilância sanitária, emitidos com base nas normas da Anvisa e do Conselho Regional de Medicina (CRM);
- Contratos de locação claros, que definam responsabilidades, horários, uso de equipamentos e obrigações de manutenção.
Além disso, é essencial que o coworking possua um responsável técnico médico vinculado ao CRM, ainda que o dono não atenda pacientes diretamente, pois a legislação sanitária exige um profissional habilitado para responder por eventuais ocorrências clínicas no ambiente.
2. O médico que utiliza o coworking
Já o profissional que aluga a sala para atender precisa garantir que o local esteja regularizado perante os órgãos competentes, com todas as licenças vigentes.
Mesmo que o espaço possua CNPJ próprio e alvará, o médico deve vincular o seu CNPJ pessoal ao endereço do coworking, indicando aquele local como ponto de atendimento.
Isso é fundamental para a emissão de nota fiscal correta e para o cumprimento das exigências do CRM e da vigilância sanitária.
Bruno alerta que essa vinculação não é um mero detalhe burocrático:
“Se o médico atende em um coworking, mas a nota fiscal sai de um endereço diferente, ou se o CNPJ não está vinculado àquele local, ele pode ter problemas em uma fiscalização ou até em um processo judicial.”
Responsabilidade em Caso de Problemas com o Paciente
Um dos equívocos mais comuns é acreditar que o dono do coworking é responsável pelos atendimentos realizados no local.
Na prática, o responsável legal por qualquer intercorrência é o médico que atendeu o paciente, e não o administrador do espaço.
Isso inclui erros de diagnóstico, complicações de procedimentos e falhas de conduta ética.
Por isso, o profissional deve atuar com o mesmo zelo que teria em uma clínica própria, mantendo ficha de atendimento, prontuário atualizado e nota fiscal emitida corretamente.
O coworking oferece infraestrutura; o ato médico e a responsabilidade continuam sendo individuais.
Lições Finais: O Que Todo Médico Deve Fazer
No encerramento, Bruno Nascimento deixa um recado claro:
“O médico precisa ter o mesmo cuidado com a saúde financeira que tem com a saúde dos pacientes.”
Suas recomendações:
- Tenha um contador especializado em área médica.
- Formalize corretamente seu CNPJ e CRM empresarial.
- Emita notas fiscais de todas as consultas.
- Mantenha contas separadas e documentos organizados.
- Evite o caixa dois e o recebimento na conta pessoal.
- Planeje seu pró-labore e a aposentadoria com antecedência.
- E, acima de tudo, trate sua clínica como uma empresa, com planejamento, gestão e visão de longo prazo.
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