Como o Médico Deve Fazer para Emitir Notas Fiscais?
Entre tantas obrigações que surgem quando o médico começa a atuar de forma autônoma ou com CNPJ próprio, uma das dúvidas mais comuns é: como emitir notas fiscais?
Afinal, sem a nota, não é possível receber de hospitais, convênios ou pacientes particulares de forma regularizada, e é justamente nesse ponto que muitos profissionais se confundem.
No episódio do GuiaConsultório #03, o especialista em contabilidade para médicos Bruno Nascimento explicou, de forma clara e detalhada, como funciona o processo de emissão de notas fiscais para médicos, o que muda entre as prefeituras e o que vai transformar completamente o sistema a partir de 2026.
O Primeiro Passo: Vincular o CNPJ à Prefeitura
Assim que o médico abre o seu CNPJ, o contador responsável precisa fazer a vinculação da empresa à prefeitura do município onde o consultório está registrado.
Esse é o primeiro passo obrigatório, pois é a prefeitura que autoriza e habilita o profissional para emitir notas fiscais de serviço.
Segundo Bruno, é o contador quem realiza essa comunicação inicial, informando à prefeitura que aquele CNPJ médico existe e está ativo. A partir daí, o município libera o login e senha para o acesso ao sistema de emissão de notas.
Esse processo é essencial mesmo para médicos que estão começando e precisam emitir apenas uma ou duas notas no início da atividade. Sem esse vínculo, a prefeitura não reconhece a empresa como prestadora de serviços e, portanto, não é possível emitir nota fiscal eletrônica.
Cada Prefeitura, Um Sistema Diferente (até 2025)
Atualmente, o Brasil possui mais de 5.500 prefeituras, e cada uma delas tem o seu próprio sistema de emissão de nota fiscal. Isso significa que não existe um modelo único de nota até o fim de 2025.
Bruno cita exemplos práticos:
um médico que abriu empresa em Sorocaba usa uma plataforma; em São Paulo, o sistema é completamente diferente; e em Campinas, o processo muda novamente.
Algumas prefeituras têm portais modernos, automatizados e de fácil acesso. Outras, no entanto, ainda mantêm processos manuais, há casos em que a nota fiscal ainda é preenchida à mão, o que mostra o quanto a padronização é necessária.
Como Emitir a Nota Fiscal no Sistema Atual
Uma vez vinculado o CNPJ à prefeitura, o médico pode acessar o portal de emissão de notas com seu login e senha.
No sistema, ele deve preencher alguns dados básicos, como:
- CPF do paciente, ou CNPJ do convênio ou hospital que contratou o serviço;
- Descrição do serviço prestado, por exemplo, “consulta médica”, “procedimento ambulatorial”, “atendimento clínico”;
- Identificação do profissional, com nome completo e CRM;
- Valor cobrado pelo serviço.
Bruno ressalta que o descritivo deve sempre refletir o que foi realmente executado. Isso é importante tanto para fins fiscais quanto éticos, pois evita problemas em auditorias ou divergências com o convênio.
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O Que Muda a Partir de 2026: Nota Fiscal Unificada Nacional
A partir de janeiro de 2026, o processo de emissão de notas fiscais vai passar por uma mudança histórica.
O governo federal implementará o Emissor Nacional de Nota Fiscal de Serviços, que substituirá os sistemas municipais.
Com isso, médicos de qualquer cidade, seja São Paulo, Curitiba, Recife ou Campinas, passarão a utilizar um único modelo de nota, com layout, estrutura e informações padronizadas.
Essa unificação trará benefícios importantes:
- Facilidade de uso, já que o sistema será o mesmo em todo o país;
- Maior controle e transparência para a Receita Federal e para as prefeituras;
- Simplificação contábil, já que o médico não precisará aprender novos sistemas ao mudar de cidade ou abrir filiais;
- Padronização das informações, o que reduz erros e inconsistências entre municípios.
Bruno explica que a mudança partiu de uma necessidade do próprio governo:
“A federação percebeu que era impossível fiscalizar mais de 5.500 tipos de nota fiscal diferentes. Agora, o modelo será único e as prefeituras terão de se adaptar a ele.”
Como Vai Funcionar a Emissão no Novo Sistema
Mesmo com o sistema unificado, o médico continuará acessando o portal da prefeitura de sua cidade. A diferença é que, ao clicar em “Emitir nota fiscal”, será automaticamente redirecionado ao novo portal nacional.
O preenchimento seguirá os mesmos princípios: será necessário informar CPF ou CNPJ, o valor do serviço, o descritivo da atividade e o número do CRM.
A principal mudança estará na interface padronizada e na integração com o sistema federal, o que tornará o controle de arrecadação e a fiscalização muito mais consistentes.
Médicos Que Atendem Pouco Também Devem Emitir Nota Fiscal?
Bruno reforça que a obrigatoriedade vale mesmo para quem realiza poucos atendimentos particulares. Mesmo que o médico precise emitir apenas uma nota por mês, é essencial que o processo seja feito corretamente.
Além de garantir a regularidade fiscal, a emissão das notas cria um histórico contábil organizado, facilitando o controle de receita e despesas do consultório.
Ignorar essa etapa ou deixar para “depois” pode gerar complicações no futuro, especialmente se houver cruzamento de dados com convênios, hospitais ou a Receita Federal.
A Importância de Contar com um Contador Especializado
Embora o sistema pareça simples, Bruno alerta que é fundamental ter o acompanhamento de um contador especializado em contabilidade médica.
Ele será responsável por fazer a vinculação do CNPJ à prefeitura, orientar sobre a emissão correta das notas e manter a empresa regularizada em todos os aspectos fiscais.
Além disso, o contador ajuda a definir o regime tributário mais vantajoso (Simples Nacional ou Lucro Presumido) e garante que o médico não pague impostos além do necessário, algo muito comum entre quem começa sem orientação profissional.
Em Resumo: O Que o Médico Precisa Saber
Até dezembro de 2025, o médico deve continuar emitindo suas notas fiscais diretamente no sistema da prefeitura, com o login e senha fornecidos após a vinculação do CNPJ.
A partir de janeiro de 2026, esse processo será migrado para o emissor nacional, mas continuará acessível pelos sites das prefeituras.
A transição trará mais praticidade, transparência e uniformidade para todos os profissionais da saúde que atuam como pessoa jurídica.
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